Amphibiens et reptiles

Les Amphibiens occupent différents types de niches écologiques et fréquentent aussi bien les milieux ouverts (tavy, marécages, rizières), les voisinages des plans d’eau que les forêts humides. Ils sont représentés uniquement par des grenouilles dont les formes larvaires, les têtards, sont strictement aquatiques ou liées au milieu aquatique.
La dégradation des habitats constitue la principale menace qui pèse sur les Amphibiens. Les biotopes aquatiques ne sont pas à l’abri des perturbations provoquées par l’ensablement, par l’érosion ou encore la pollution des zones humides et des plans d’eau. L’introduction d’espèces nouvelles de poissons carnivores, comme ce furent le cas avec le Black-bass et le Fibata, constitue une autre menace sur la population batrachologique, du moins dans la zone d’acclimatation de ces poissons. Enfin, l’ampleur prise par la collecte sauvage de grenouilles dans leurs milieux naturels, pour alimenter le commerce international, peut constituer un réel danger pour leur survie.

Chez les Reptiles, bien que des serpents fréquentent les zones humides pour se nourrir, seuls les crocodiles et quelques espèces de tortues sont typiquement aquatiques.
Quatre (4) espèces de Tortues d’eau douce de la famille des Pelomedusidae sont connues à Madagascar : Erymnochelys madagascariensis ou Rere, espèce endémique ; Pelomedusa subrufa (Kapika) ; Pelusios subniger et Pelusios castanoides. Toutes ces espèces, sauf peut-être Pelomedusa, sont régulièrement consommées par les populations locales. La modification de l’habitat en rizières pourrait être une autre cause de la régression de leurs peuplements.

Crocodylus niloticus (Crocodylidae) se rencontrait autrefois dans presque tous les milieux aquatiques continentaux malgaches jusqu’à 1000 m d’altitude, mais suite à une chasse intense pour la commercialisation de sa peau, sa population a nettement diminué. Glaw et Vences (1994) ont estimé la population à 30 000 individus.
Elle bénéficie du statut d’espèce menacée depuis 1988. Il est apparu néanmoins que depuis quelques années le peuplement s’est reconstitué, provoquant de fréquents accidents chez les populations humaines riveraines aux plans d’eau de plusieurs régions de l’Ile. Par ailleurs, les crocodiles n’ont été guère menacés dans les régions difficiles d’accès, telles que les rivières souterraines de l’Ankarana, la gorge du Manambolo et également dans les zones où les interdits (ou fady) subsistent (lac Anivorano dans le nord ; lacs volcaniques du Mont Passot à Nosy Be ; lac d’Ampijoroa et lac Tsimaloto dans l’Ankarafantsika).
Actuellement, le crocodile est inscrit en Annexe II de la Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d’extinction (CITES).